Die Vorstadt Überwasser, das „suburbium“ war vor jener Aafurt entstanden, an der die von Norden kommende Friesische Straße in das eigentliche Mimigernaford – so der älteste Name von Münster – eintrat. Noch über die endgültige Eingliederung in die Gesamtstadt um 1173/74 hinaus hat Überwasser ein gewisses kommunales Eigenleben mit Selbstverwaltung, Marktrecht und Schöffengerichtsbarkeit, einschließlich eines „Schandpfahls“, eines Prangers, geführt. Damit im Einklang stand auch der bischöfliche Entschluß, den dortigen Bewohnern eine eigene Pfarrkirche zu verschaffen, eben Liebfrauen-Überwasser.

Inzwischen war zudem die Lehre Luthers durch das sozial-revolutionäre Ideengut der aus dem Niederländischen gekommenen „Wiedertäufer“ verdrängt worden. Die Mehrzahl der Stiftsdamen hatte die „Taufe“ genommen. Da verkleideten sich die Äbtissin und zwei Schwestern als Mägde und flüchteten, Milchkannen mit den wichtigsten Dokumenten auf dem Kopf tragend, aus der Stadt. Kurz darauf schloss der Fürstbischof die Stadt ein. Bis zur Eroberung am 25. Juni 1535 steigerte sich das Schreckensregiment der „Täuferischen“. Die Turmspitze der Überwasserkirche wurde herabgestürzt, auf der so entstandenen Plattform wurden Geschütze aufgestellt. Die noch erhaltenen, überaus wertvollen gotischen Steinfiguren Mariens und der Apostel wurden vom Westportal gerissen und zur Verstärkung in die Stadtwälle eingestampft (1898 wieder ausgegraben, fanden sie im Landesmuseum eine neue Bleibe.)

Wie die 1040 so prunkvoll geweihte Stifts- und Pfarrkirche ausgesehen hat, wissen wir nicht mehr; jedoch darf man aus den überlieferten Notizen zur Weihe der Altäre schließen, dass der Urbau eine dreischiffige – selbstverständlich ungewölbte – Basilika mit westlichem Stiftschor war. Das erste Gotteshaus fiel bereits 1071 einem Brand zum Opfer Ein erweiterter Neubau scheint unverzüglich in Angriff genommen worden zu sein; denn zwischen 1085 und 1088 zählen die Quellen allein acht Weihedaten für Kapellen und Altäre auf. Ob dieser Bau eine Doppelturmgruppe besaß, für deren Teil die nördlich vom jetzigen Turm erhaltene Ludgeruskapelle früher gehalten wurde, ist durch die Ausgrabungen nicht bestätigt worden. Bei der Eroberung der Stadt von 1121 durch Sachsenherzog Lothar Supplingenburg (seit 1133 Kaiser Lothar III.) soll die Kirche sehr gelitten haben, aber Näheres ist nicht bekannt. Die jetzige gotische Hallenkirche wurde gemäß einer Inschrift über dem Westportal seit 1340 errichtet, und zwar durch die Kirchengemeinde. Die Bauzeit des wuchtigen Turmes zog sich von 1363 bis in den Beginn des 15. Jahrhunderts hin. Von der Zerstörungswut der Wiedertäufer war schon die Rede. Die nach 1535 neu errichtete Turmhaube wurde 1704 durch einen Orkan wiederum herabgeweht. Während des 2. Weltkriegs wurde das Gotteshaus, wie die gesamte Stadt, aufs Schwerste getroffen, blieb in der Substanz aber soweit erhalten, dass der Aufbau in der alten Gestalt möglich war. Bereits 1949 konnte wieder der erste Gottesdienst gefeiert werden.